اولین کتابخانه دانشگاه بطور رسمی در سال 1365 در محل فعلی دانشکده پرستاری و مامایی راه اندازی گردید. در سال 1373 با گسترش مجموعه سازی و خرید منابع جدید ، بنیاد اصلی کتابخانه مرکزی دانشگاه در دانشکده پزشکی پی ریزی گردید که همچنان بصورت مشترک با کتابخانه دانشکده پزشکی به فعالیت خود ادامه می دهد.

   در حال حاضر کتابخانه مرکزی دانشگاه علوم پزشکی کاشان با 47131 نسخه کتاب، 864 عنوان نشریه چاپی (353 عنوان فارسی، 511 عنوان لاتین) 1674 سی دی، 1786 عنوان پایان نامه و 811 عنوان طرح تحقیقاتی دارای یکی از غنی ترین کتابخانه های شهرستان کاشان در زمینه پزشکی، پیراپزشکی و علوم وابسته به آن می باشد.

دانشکده ها و بیمارستانهای دانشگاه هر کدام کتابخانه ای مجزا دارند که از نظر قوانین و مقررات و مدیریت فنی تابع کتابخانه مرکزی می باشند. در کتابخانه مرکزی خدمات مختلفی ارائه می شود که برخی از این فعالیتها با مراجعه­کنندگان کتابخانه ارتباط مستقیمی ندارد و وظیفه گردآوری و آماده سازی منابع را بر عهده دارد ( نظیر: بخش انتخاب، تهیه و خرید منابع، بخش فهرست نویسی و ...) و برخی از این فعالیتها در ارتباط مستقیم با مراجعان می باشد (بخش امانت ، پایگاه عرضه اطلاعات و...).