وجود سیستم پایش و ارزشیابی از مهمترین اجزا نظام تحقیقات بوده و این امر به منظور فعالیت های پژوهشی ٬ توسعه تولید دانش٬ استفاده از نتایج تحقیقات ٬ توانمند سازی دانشگاهها و نیز تخصیص بهینه منابع انجام می گیرد .

ارزیابی فعالیت های پژوهشی دانشگاههای علوم پزشکی برای اولین بار در سال 1382 آغاز گردید. در این ارزیابی ها کارشناسان وزارت متبوع از 40 دانشگاه / دانشکده علوم پزشکی وابسته به وزارت بهداشت درمان ٬ و آموزش پزشکی بازدید حضوری بعمل آورده سپس در جلسات برنامه ریزی شده ایی در کمیته های ارزشیابی مستقر در معاونت تحقیقات و فناوری با حضور نمایندگان معاونین پژوهشی هر دانشگاه مدارک مورد بازبینی قرار میگیرند و امتیازات نهایی تعیین و پس از ورود و آنالیز داده ها ، گزارش نهایی تدوین می گردد.

 

ارزیابی فعالیت های پژوهشی در سه محور حاکمیت و رهبری ، تولید دانش و توانمند سازی انجام می گیرد . در محور حاکمیت و رهبری به وجود لیست عناوین اولویت های پژوهشی و مکانیزم تعیین آنها ، طرح های مصوب و منطبق بر عناوین پژوهشی اولویت دار ، ترکیب اعضای کمیته اخلاق و نتایج ارزیابی برنامه استراتژیک امتیاز داده می شود .

درمحور تولید دانش ، به نوع طرح های تحقیقاتی مصوب ، مقالات منتشر شده ، خلاصه مقالات ارائه شده در کنگره های داخلی و خارجی ، کتب تالیف شده و نتایج چاپ شده پژوهش ها امتیاز تعلق می گیرد .

در محور توانمند سازی ، به برگزاری همایش ها ، کارگاهها ، طراحی وب سایت ٬ کتابخانه و محققین برگزیده جشنواه های رازی و خوارزمی امتیاز داده می شود .

طبق آخرین تقسیم بندی اعلام شده از طرف معاونت آموزشی و امور دانشجویی وزارت متبوع 9 دانشگاه در تیپ یک و 20 دانشگاه در تیپ دو و 12 دانشگاه در تیپ سه رقابت می کنند.